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Background: In this study, we addressed whether a single 454 Life Science GS20 sequencing run provides new gene discovery from a normalized cDNA library, and whether the short reads produced via this technology are of value in gene structure annotation. Results: A single 454 GS20 sequencing run on... 顯示更多 Background: In this study, we addressed whether a single 454 Life Science GS20 sequencing run provides new gene discovery from a normalized cDNA library, and whether the short reads produced via this technology are of value in gene structure annotation. Results: A single 454 GS20 sequencing run on adapter-ligated cDNA, from a normalized cDNA library, generated 292,465 reads that were reduced to 252,384 reads with an average read length of 92 nucleotides after cleaning. After clustering and assembly, a total of 184,599 unique sequences were generated containing over 400 SSRs. The 454 sequences generated hits to more genes than a comparable amount of sequence from MtGI. Although short, the 454 reads are of sufficient length to map to a unique genome location as effectively as longer ESTs produced by conventional sequencing. Functional interpretation of the sequences was carried out by Gene Ontology assignments from matches to Arabidopsis and was shown to cover a broad range of GO categories. 53,796 assemblies and singletons (29%) had no match in the existing MtGI. Within the previously unobserved Medicago transcripts, thousands had matches in a comprehensive protein database and one or more of the TIGR Plant Gene Indices. Approximately 20% of these novel sequences could be found in the Medicago genome sequence. A total of 70,026 reads generated by the 454 technology were mapped to 785 Medicago finished BACs using PASA and over 1,000 gene models required modification. In parallel to 454 sequencing, 4,445 5'-prime reads were generated by conventional sequencing using the same library and from the assembled sequences it was shown to contain about 52% full length cDNAs encoding proteins from 50 to over 500 amino acids in length.

最佳解答:

背景： 在此研究中，我們是否單獨 454 生命科學 GS20 測序運行提供規範化的 cDNA 文庫，從新基因的發現和解決是否通過這一技術生產的短讀取的基因結構注釋中的值。結果： 單 454 GS20 測序上運行適配器結紮 cDNA，歸一化的 cDNA 文庫，清洗後讀取 92 核苷酸的長度平均減至 252,384 讀取的生成 292,465 讀取。聚類和程式集之後, 共 184,599 唯一序列生成包含超過 400 SSRs。454 序列從 MtGI 生成更多的基因序列的二氧化碳比命中。454 讀取雖短，但有足夠的長度作為長無害環境技術生產常規測序的有效映射到獨特的基因組中的某個位置。序列的功能解釋開展了對擬南芥基因本體分配從匹配和涵蓋範圍廣泛的轉到類別顯示。53,796 程式集和單身人士 （29%） 在現有的 MtGI 的不匹配。在先前避人耳目的苜蓿成績單，數千了全面蛋白質資料庫和一個或多個 TIGR 基因植物指數中的匹配項。大約 20%的這些新型序列找苜蓿基因組序列。共 454 技術生成的 70,026 讀取已映射到 785 苜蓿完成奇使用情況和需超過 1,000 基因模型的修改。在平行于 454 測序，4,445 5'-主要讀取已生成的常規使用相同的庫的測序和組裝的序列顯示包含約 52%全長基因編碼蛋白從 50 到長度超過 500 氨基酸。

其他解答:

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你好: 應該是如此: 在這項研究中，我們演講跑的一唯一454生命科学GS20程序化是否提供從一個正常化的cDNA圖書館的新的基因發現，並且短小是否讀生產通过這技術有价值在基因結構註釋的。 結果： 在適配器被綁紮的cDNA跑的一唯一454 GS20程序化，從一個正常化的cDNA圖書館，引起了292,465讀減少到252,384讀與92核苷酸的平均讀的長度在清洗以后。 在成群和彙編以後，總共184,599個獨特的序列是引起的包含400 SSRs。 454個序列比可比较的数量引起了命中對更多基因從MtGI的序列。 雖然短， 454讀是充足的長度一样有效地映射到一個獨特的染色體地點象長期常規程序化生產的ESTs。 序列的功能解釋由從比賽的Gene Ontology任務執行到Arabidopsis和顯示包括各種各樣去類別。 53,796個彙編和一個(29%)沒有比賽在現有的MtGI。 在以前未受注意的Medicago抄本之內，數以萬計有比賽在一個全面蛋白質數據庫和一個或更多TIGR厂基因索引。 大约20%這些新穎的序列在Medicago染色體序列能被找到。 總共70,026讀引起由技術被映射對785 Medicago完成的BACs使用PASA的454，並且1,000個基因模型要求修改。 平行對454程序化， 4,445 5' -最初讀是通过常規程序化引起的使用同一個圖書館，並且從被装配的序列顯示包含大约輸入從50的52%全長cDNAs蛋白質到長度500氨基酸。 希望對你有幫助>///<|||||背景： 在這項研究中，我們演講跑的一唯一454生命科学GS20程序化是否提供從一個正常化的cDNA圖書館的新的基因發現，並且短小是否讀生產通过這技術有价值在基因結構註釋的。 結果： 在適配器被綁紮的cDNA跑的一唯一454 GS20程序化，從一個正常化的cDNA圖書館，引起了292,465讀減少到252,384讀與92核苷酸的平均讀的長度在清洗以后。 在成群和彙編以後，總共184,599個獨特的序列是引起的包含400 SSRs。 454個序列比可比较的数量引起了命中對更多基因從MtGI的序列。 雖然短， 454讀是充足的長度一样有效地映射到一個獨特的染色體地點象長期常規程序化生產的ESTs。 序列的功能解釋由從比賽的Gene Ontology任務執行到Arabidopsis和顯示包括各種各樣去類別。 53,796個彙編和一個(29%)沒有比賽在現有的MtGI。 在以前未受注意的Medicago抄本之內，數以萬計有比賽在一個全面蛋白質數據庫和一個或更多TIGR厂基因索引。 大约20%這些新穎的序列在Medicago染色體序列能被找到。 總共70,026讀引起由技術被映射對785 Medicago完成的BACs使用PASA的454，並且1,000個基因模型要求修改。 平行對454程序化， 4,445 5' -最初讀是通过常規程序化引起的使用同一個圖書館，並且從被装配的序列顯示包含大约輸入從50的52%全長cDNAs蛋白質到長度500氨基酸。|||||「根據Yahoo奇摩知識+的定義，此問題的標題可能『過於含糊籠統』 。請修改標題後重新提問，要不然您自己可能必須承擔此問題事後被移除的風險。看到標題這麼 『含糊』的問題，我們大多數的"老鳥"是連看都不會去看它內容的。請參考: 為什麼我的發問都已經結束了~它還一直寄違規給我 http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1611081205129 「知識+英文版翻譯題發問指導手冊」 http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1511081708173 」|||||背景： 在這項研究中，我們演講跑的一唯一454生命科学GS20程序化是否提供從一個正常化的cDNA圖書館的新的基因發現，並且短小是否讀生產通过這技術有价值在基因結構註釋的。 結果： 在適配器被綁紮的cDNA跑的一唯一454 GS20程序化，從一個正常化的cDNA圖書館，引起了292,465讀減少到252,384讀與92核苷酸的平均讀的長度在清洗以后。 在成群和彙編以後，總共184,599個獨特的序列是引起的包含400 SSRs。 454個序列比可比较的数量引起了命中對更多基因從MtGI的序列。 雖然短， 454讀是充足的長度一样有效地映射到一個獨特的染色體地點象長期常規程序化生產的ESTs。 序列的功能解釋由從比賽的Gene Ontology任務執行到Arabidopsis和顯示包括各種各樣去類別。 53,796個彙編和一個(29%)沒有比賽在現有的MtGI。 在以前未受注意的Medicago抄本之內，數以萬計有比賽在一個全面蛋白質數據庫和一個或更多TIGR厂基因索引。 大约20%這些新穎的序列在Medicago染色體序列能被找到。 總共70,026讀引起由技術被映射對785 Medicago完成的BACs使用PASA的454，並且1,000個基因模型要求修改。 平行對454程序化， 4,445 5' -最初讀是通过常規程序化引起的使用同一個圖書館，並且從被装配的序列顯示包含大约輸入從50的52%全長cDNAs蛋白質到長度500氨基酸。|||||這是一大段啦.... :OD4CDE60C03A2F1BC
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